Доброго! У меня тоже была проблема с несоответствием версий ядра и его заголовочных файлов при установки VMWare tools под Debian, описанная вот здесь: http://www.linux.org.ru/view-message.jsp?msgid=998748.
Почему-то не могу в эту тему ответить. Поэтому пишу заново. Auvarov советовал поставить другое ядро и вместе с ним - его исходники. Но без этого можно обойтись, см. http://livlug.klik-online.ru/?p=42
Если ядро у Вас взято из дистрибутива, а заголовочников нет, то перед запуском установщика VMWare нужно выполнить
apt-get install build-essential linux-headers-`uname -r`
тогда не понадобится устанавливать другое ядро, VMWare без проблем конфигурируется и собирается. Вроде бы даже работает.