[gentoo] emerge --sync && svn

я так понимаю, напрямую нельзя
но можно менять зеркала и опции rsync-a. например делать rsync на сервере, там какими-нибудь скриптами перегонять в svn, синхронизировать с клиентами, а там делать опять rsync с локального каталога в svn :)

а что за ситуация такая, что нельзя обойтись без изменения именно основного дерева?

Мне это нужно для того, чтобы надругаться над деревом путем добавления туда своего нового профиля и чтобы этот профиль не исчезал при синхронизации дерева (т.е. синхронизацию производить один раз на билдовочном сервере через meld, а потом использовать на всех компьютерах измененное дерево).

Тебе надо создать оврлей и уже в нём профиль. Обновление автоматизировать с помощью layman, который умеет и svn, и git и кучу ещё всего.

http://ru.gentoo-wiki.com/wiki/Portage_Overlay