ЛиЛо скрывает от Виндовс основные разделы.

Не за что. Вопрос абсолютно неясный, информации практически нет.

1. Primary partition или нет - это неважно.
2. Какие у тебя винды - непонятно. Те же w2k и xp никогда не увидят раздел как C, если он у них прописан как D.
3. Файловые системы предлагаешь угадывать?
4. Геометрия неясна (fdisk -l)
5. Конфигурации lilo нет.
6. Какие разделы видно после загрузки - неясно.

В 9х виндах, основанных на m$do$, в каждый момент времени может быть виден только один первичный раздел (помеченный как active). И LILO тут ни при чём.

А знаешь, что в виндах первичные разделы не с vfat или ntfs видны как non-dos partition? И что бы ты ни делал, видеть он будет только один первичный раздел, в котором подхлдящая фс и который правильно помечен в таблице разделов.