проблема возможно понерская (раньше использовал grub и всё было нормально), но имеющаяся литература и man сейчас не помогли, возможно что-то недопонял.
в общем 2 винта. На одном живет винда, второй выделен под линух.
сейчас в lilo.conf:
... image=/boot/vmlinuz label=lin root=/dev/hda1 read-only
other=/dev/hdb1 label=win table=/dev/hdb