VOB нарезать, объединить, но опять же в VOB, а не в MKV

он может только из MKV c MPEG2 в VOB перегнать.

А «небольшой» VOB не подбросишь, чтобы «пошаманить»? Ни у кого наверное VOB-ов уже и не осталось.

Была такая программка tsMuxer. Она может нарезать/склеивать VOBы, не знаю как насчет вывода в них.

Avidemux?

ffmpeg может только из MKV c MPEG2 в VOB перегнать

Перед -i:

-fflags +genpts -i input.vob

-fflags +genpts -fflags +igndts -i input.vob

Avidemux - его я боюсь использовать лишний раз, хотя удобно. При ремуксе нескольких файлов mpeg2 на стыке соединения иногда дает артефакты

Я и в mkvtoolnix сталкивался с артефактами при резке mpeg2, хотя резал по ключевым кадрам. Странно, по идее не должно такого быть. Что-то там не так они отрезают, надо искать другие инструменты.

Это может сделать MPEG Video Wizard. Причем с точностью до кадра (пережмутся только участки на стыке, не более 0.5 секунд). Можно менять отрезки местами как в полноценной монтажке, субтитры тоже сохраняются. Для H.264 рекомендую VideoRedo TVSuite.