Нормально склеиваются не все форматы. Нужно сначала конвертировать во чо-нибудь типа MPEG и тогда склеивать.

Бесплтаная программа для редактирования видео

Как смонтировать свое видео http://www.youtube.com/watch?v=rvDN2BzBlog

Бесплатная программа для монтажа:http://www.softfly.ru/index/videoredaktory_i_konvertory_video/0-41#pad

apt-get install oggvideotools

oggCat result.ogv video1.ogv video2.ogv

http://trac.ffmpeg.org/wiki/How to concatenate (join, merge) media files