Чем править структуры в SDF и XDF?

Существуют ли графические редакторы структур под Линукс

Покажи пару скриншотиков, чтобы хоть представлять как это редактируется.

Я так понял это XML? Как вариант написать xslt для перегонки в формат какого-нибудь freemind'а и обратно. Правда придётся кучу условностей заводить (типа такая-то иконка у ноды - такое-то свойство в xdf).

Вот пример MOL: http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file

SDF — серия из MOL в одном файле.

XDF — XML в котором один из тегов содержит MOL.

Всё неплохо документировано, но нашёл всего 2 проприертарных визуальных редактора. Один не поддерживает XDF, у другого проблемы со структурами Маркуша.

https://en.wikipedia.org/wiki/OpenBabel

В секции See also перечислено несколько редакторов. А сам бабель - открытый конвертор между разными форматами. Эти тоже не подходят?

И вот ещё https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_software_for_molecular_mechanics_modeling

Всё, что нашёл в сети — закрытое, криплварное, под Windows

File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC.

$ apt-cache show openbabel

Description-en: Chemical toolbox utilities (cli) Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It allows one to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas. Features include: . * Hydrogen addition and deletion * Support for Molecular Mechanics * Support for SMARTS molecular matching syntax * Automatic feature perception (rings, bonds, hybridization, aromaticity) * Flexible atom typer and perception of multiple bonds from atomic coordinates * Gasteiger-Marsili partial charge calculation . File formats Open Babel supports include PDB, XYZ, CIF, CML, SMILES, MDL Molfile, ChemDraw, Gaussian, GAMESS, MOPAC and MPQC. . This package includes the following utilities: * babel: Convert between various chemical file formats * obenergy: Calculate the energy for a molecule * obminimize: Optimize the geometry, minimize the energy for a molecule * obgrep: Molecular search program using SMARTS pattern * obgen: Generate 3D coordinates for a molecule * obprop: Print standard molecular properties * obfit: Superimpose two molecules based on a pattern * obrotamer: Generate conformer/rotamer coordinates * obconformer: Generate low-energy conformers * obchiral: Print molecular chirality information * obrotate: Rotate dihedral angle of molecules in batch mode * obprobe: Create electrostatic probe grid Description-md5: 6ce630c1a7113b6e9fbb506bdd345a0f Homepage: http://openbabel.sourceforge.net

XDF в документации нигде нет.

Кроме того, я надеялся, что найдётся человек, который скажет, насколько OpenBabel и его производные поддерживают фичи V3000. Судя по сайту, его поддержку сделали только ради снятия ограничений на число атомов. Полезно, но не мне.

Чем править структуры в SDF и XDF? (комментарий)

я надеялся, что найдётся человек, который скажет, насколько OpenBabel и его производные поддерживают фичи V3000

А чего теги не поставил? Вещь специфическая.

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_software_for_molecular_mechanics_modeling

Спасибо, но это немного не то. Там моделирование, а мне нужно рисование. Ставить гигабайтный пакет, чтобы двигать атомы мышью... По-моему, перебор.

Кроме того, там сразу же заметил ошибку. Для одной из программ приведены характеристики из рекламных материалов, которые программисты ещё не воплотили, и дай бог к следующему году управятся.

А чего теги не поставил? Вещь специфическая.

Подходящих не нашёл.

Дык покажи хоть одну программу, которая тебя устраивает.