LINUX.ORG.RU

Можно ли смотреть Chemical table file в консоли?

 


0

2

Имеются файлы MOL и SDF. https://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file – текстовые форматы для описания молекулярных химических структур. Требуется по-быстрому по SSL проверить, какие в них изображены химические структуры. Конечно, можно less или cat и мысленно представить весь этот граф по списку связей. Но тяжело. А есть ли готовый инструмент, который бы это рисовал псевдографикой или даже через «-|\/»?

Пока предложили генерировать SMILES (химический аналог однострочников) пакетом OpenBabel: obabel -isdf structure.sdf -osmi - Он оказался не таким монструозным, как мне почему-то казалось.

★★★

Последнее исправление: olegd (всего исправлений: 1)

Можно ли смотреть…

«Глянул в стороны, а вдоль дороги мёртвые химики с консолями стоятььь… И тишина…» :)

quickquest ★★★★★
()

По быстрому скачай их и открой в jmol. Или примонтируй по sshfs и так же открой в jmol.

vitruss ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от olegd

Почему мёртвые?

Дык, живых ответчиков то «тута нету» и
чтоб соответствовать первоисточнику цитаты :)

quickquest ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от olegd

Подмонтируй sshfs, открой с неё одной командой и когда насмотрелся на молекулу — закрой окно комбинацией клавиш.

Данный вариант — научиться читать smiles…

vitruss ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от olegd

Smiles самое компактное представление из известных мне для молекул и отлично подойдёт для консоли.

Есть конвертеры.

vitruss ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от vitruss

Есть конвертеры.

Конвертеры MOL в SMILES? Отлично, как называются? Сам не нашёл.

P.S. Я предыдущий ответ понял как вывести из SDF только поле со SMILES. В прошлый раз оно было, сейчас нет.

P.P.S. Если возможно, что-нибудь, что давно есть в репозиториях основных дистрибутивов.

olegd ★★★
() автор топика
Последнее исправление: olegd (всего исправлений: 2)
Ответ на: комментарий от vitruss

openbabel

Посмотрел на него ещё раз. Версия 3.0.0 всего 18М. Странно. Когда я его в прошлый раз пробовал, он почему-то был раз в 20 больше.

Спасибо.

olegd ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от olegd

раз в 20 больше.

Потому что тот был с исходниками и тестовыми примерами.

olegd ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от vitruss

Нашлось что-то что работает?

Обошёлся собранным из исходников OpenBabel-ем, спасибо.

Если найдётся что-то ещё, буду рад узнать.

olegd ★★★
() автор топика
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.