~/.bash_history в данном случае обычный юзерский ФАЙЛ, принадлежащий ЮЗЕРУ от которого надо его (файл) защищать. Бред, не так ли?
Системные логи пишутся через syslog. Они защишены от обычных юзеров? Да. Так что отвянь и модифицируй юзерскую прогу (здесь bash), чтобы писал через syslog.