squid как отключить его днс сервера или привязать к dnscrypt

Что именно вы хотите, чтобы squid обращался к тому же DNS, что его клиент, или чтобы он в прозрачном режиме шёл на тот ip-адрес, на который шёл клиент? В каком режиме у вас squid?

Вы настроили dnscrypt на приём запросов на порту 5353. Это подразумевает, что используется какой-то промежуточный DNS-сервер (допустим dnsmasq), который с порта 53 перебрасывает запросы на порт 5353. По стандарту система лезет на порт 53 и действием:

/etc/sysconfig/network-scripts пробовал прописовать в днс устройства

можно указать только ip-адрес, но не порт. И, аналогично, директивой ″dns_nameservers″ в конфиге squid, порт тоже не укзать. Либо вешайте dnscrypt на порт 53, либо ставьте и настраивайте dnsmasq.

dnscrypt на 53 порут не запускается пишет что недостаточно прав, хотя от рута. dnsmasq настроек ненашел как и его самого, его надо установить?

Да. Установить dnsmasq, настроить, чтобы он обращался к dnscrypt, потом прописать 127.0.0.1 в системе.