Корневые разделы: шифрование при установке средствами дистрибутива

Зависит от дистрибутива. В arch, например, из коробки, а в ubuntu надо немного повозиться, насчёт других не знаю

Для debian реально на 100%, причём можно выбирать алгоритм (и, соответственно, скорость работы от него будет зависеть).

OpenSUSE 10.3 при установке