Как можно зарядить BLOWFISH в Linux?

Если нужно шифровать файлы:
gpg -c --cipher-algo BLOWFISH <имя_файла>

Для шифрования разделов можно использовать CryptoAPI, модуль blowfish там есть, или BestCrypt (он платный).

IP-туннель - CIPE

А если не секрет, почему нужно использовать именно blowfish? AES не подходит?

есть еще вот такая штука: http://www.openwall.com/crypt/

Уважаемый BestCrypt for Linux отдается в сорцах на www.jetico.com