Home - TrueCryptом зашифрованный раздел

Например, так:
в автозагрузку (вариант генту) /etc/local.d/baselayout1.start
можно добавить

truecrypt -t -k «» --protect-hidden=no /dev/sdb6 /media/truecrypt1

сделать нужные каталоги и симлинк.

mkdir -p /media/truecrypt1/home/user/

test ! -d /home/user/ && ln -s /media/truecrypt1/home/user/ /home/user/

где /home/user/ каталог какого-нибудь нового пользователя.

Примерно так.

А ФС на этом разделе будет пониматься виндой? Как вариант - зашифровать его стандартным для линуксов LUKS, а в винде открывать через FreeOTFE. Но в любом случае вопрос ФС остается открытым.

Чисто по логике тебе ничто не мешает использовать ntfs в линуксе.
Другой вопрос в том, что тебе наверняка не нужно 100% линуксовых конфигов в винде.
Поэтому куда логичнее было бы монтировать трукриптом /home/userdir/TRUECRYPT и уже на него создавать симлинки для того софта, чьи данные тебе нужны и на винде.