Вся сеть обязательно работает наружу через Tor. Даже те программы, которые не умеют - они работают через тор с помощью Metaproxy.
Самописный фаервол. На манер виндовского Outpost, при сетевой активности приложения, он интерактивно спрашивает, разрешить или заблокировать эту активность.
Hardened ведро с grsecurity и прочими плюшками.
Для самоубийц есть браузер, могущий работать не через тор. Он отделен от остальной ОС во всех смыслах.
Неплохо было бы еще как-то перераспределять задачи пользователей между компьютерами, чтобы было совсем неясно, где чьи данные обрабатываются. В пределах лимита, установленного на локальной машине, разумеется, а то койнеры поналезут.
Ну как бы глупо думать, что tor обеспечивает анонимность. Тор это не более чем автоматизировалка поиска проксиков для обхода блокировок среднего уровня сложности.