Следите за руками:
1) есть переменная ROOT=, которая позволяет собрать пакет в указанную директорию, но как будто это корень
2) в GoboLinux можно размещать отдельные программы в отдельных директориях, причем там есть специальный фильтр файловой системы, который будет объединять каталоги разных программ в одну файловую систему
3) можно попробовать gobolinux запустить в chroot или каком-нибудь контейнере из-под gentoo
Тогда мы будем снаружи иметь привычный пакетный менеджер от gentoo
а изнутри мы будем иметь каждую программу в отдельной директории, но это будет незаметно благодаря GoboLinux
Это нужно затем, чтобы снаружи собрать несколько разных вариантов программы в несколько разных отдельных диреткорий и чтобы файлы пакетов при этом точно не наложились.