Как указать ссылки на библиографию при написании статьи?

Желательно использовать второй, но возникает затруднение: текст таков, что по-порядку используется один источник, потом второй, потом снова первый, т.е. текст будет такой приблизительно: Бла-бла-бла [1]. Бла-бла-бла [2]. Бла-бла-бла [1].

В чем затруднение? Обычно так и делают. Дубликаты в списке литературы не нужны.

Ссылки надо оформлять в соответствии со стилем принятым в конкретном журнале, поэтому спрашивать надо в редакции, а не на лоре.

подтверждаю

нужно сделать так: Бла-бла-бла [1]. Бла-бла-бла [2]. Бла-бла-бла [3], но при этом в библиографии указать: [1] - Иванов 2000, стр. 5-6. [2] - Петров 2010 , стр 23-45. [3] - Иванов 2000, стр. 5-6.

Совсем наркоман?

Обычно в таких случаях делают в тексте [1, с. 5-6] [2, с. 23-45]. В списке литературы — по правилам оформления затекстовых ссылок ГОСТ 7.0.5-2008. Твой случай описывается пунктом 7.4. Но приоритет имеют правила журнала — иногда они требуют ГОСТ 7.1-2003.

Зависит от того 1) куда собираетесь публиковать 2) какие в вашем научном заведении приняты стандарты цитирования.

Стандартов цитирования существует превеликое множество, и среди этого множества - существуют тонкости реализации каждого конкретного. Например мне с моим студенчеством в DCU приходится использовать «Harvard referencing style DCU Edition».

Что-бы облегчить составление библиографии - можно пользоваться инструментами вроде refworks, или бесплатными аналогами, там-же можно и указать в каком формате все генерировать при составлении библиографии в итоге.