Зачем рядом с файлами часто пишут несколько хэшей, если можно прогнать результат одного хэша через другой?

Чтобы был выбор, у тех кто не умеет в лучшие. Да и скорость проверки разная.

Ведь все равно через 2 хэша почти никто не проверяет.

Это и не имеет большого смысла.

Единственный плюс в этой схеме - оптимизация на стороне хостера, с точки хрения юзера тут одни минусы.

если можно прогнать результат одного хэша через другой?

Толи я чего не пойму... И что за бред и зачем это?

можно прогнать результат одного хэша через другой?

Находим коллизию для первого хэша и схема скомпроментирована.

если можно прогнать результат одного хэша через другой?

Это что-то вроде: квадрат через квадрат русский через английский?