Аксиома администрирования Linux (да и весь Unix-подход к управлению системой) гласит, что надо делить мух от котлет - то есть программы от данных. Классические пакетные менеджеры (dpkg, rpm и прочие) обеспечивают прекрасную поддержку этой парадигмы - есть программа (пакетный менеджер) и есть данные (пакет, который надо установить в систему). Соответственно, инсталятор всегда будет соблюдать все заданые правила и поддерживать порядок в системе, обеспечивая ее стабильность.
В противовес этому, в Windows пакет и инсталятор суть одно и то же, и каждый пакет должен сам заботиться о себе. Следствием этого является чрезвычайно высокая "самостоятельность" инсталяторов, которая приводит к тому, что система "разбухает" и содержит кучу хвостов, которые непонятно откуда взялись, а при деинсталяции ничем кроме "джентльменских соглашений" не связаные пакеты могут легко вынести не только себя, но и кусок системы.
Вследствие этого появилась странная мысль: сборка программ из исходников с установкой их через make install (то есть минуя полнофункциональный менеджер пакетов), а также создание инсталяторов "сам себя как надо поставлю" [типа инсталера Oracle или firefox'а с официального сайта] - это прямой путь, который превратит Linux в Windows в ее худших проявлениях!
