Активность на Github и отсутствие commit-ов.

Я здесь вычитал что github коммиты только по master считает.

Тогда откуда Github берет эту активность, если в master-ветке нет видимых изменений...

За активность не только коммиты считаются. Зайди в issues или pull-requests

По времени ни issue, ни pull-requests не совпадают.

Как и контрибьютеров, хотя мне это кажется не логичным.

Может был push --force? Не знаю как гитхаб это отобразит в активности.

Может потому что вот сюда добавили правок https://github.com/TokTok/c-toxcore/pull/464 ? По времени подходит

Ммм...Ну да, по времени совпадает...
Хотя как-то странно. Смотря на это время ожидаешь активность именно в ветках репозитория, а не активность комментариев к pull-requests-ам...

Может закешировалось.

16 часов? Вряд-ли. Т.к. 4 часа назад в активности было 12 часов...

Активность во всех ветках считается. А также время последнего пуша.

Ну там не коммент а правки какие-то. Комменты в ишьях и свежее есть. Мне кажется надо отталкиваться от инфы на странице https://github.com/TokTok/c-toxcore/pulse

В Pulse разделе смотрел, там тоже нет совпадений по времени...
При этом вряд-ли это баг. Т.к. активность периодически обновляется...
Может действительно правки/комментарии в pull-requests-ах...
Надо будет проверить на каком-нибудь тестовом репозитории.