Впрочем, не совсем внезапно. Новых релизов не было почти 5 лет. За это время из состава GCC успели выпилить gcj, на сборку которым заточен pdftk. В новых релизах дистрибутивов pdftk, собственно, уже и нет. pdftk продолжает оставаться только в Debian'е (ну, в Slackware 14.2 при помощи GCC 5 он ещё соберётся, но уже на носу 15-я версия без gcj), где даже в sid'е целых 3 варианта gcj - от 4-й, 5-й и 6-й веток GCC. Из этого Debian'а юзеры и растаскивают бинарники по другим дистрибутивам. Но, именно бинарники.
Вместо pdftk теперь развивается, например, pdf-stapler: https://github.com/hellerbarde/stapler .
UPD. Ещё есть qpdf: https://github.com/qpdf/qpdf .
