Обычно происходит через email. Это связано с какими-то законами? Ну, типа, что по email можно найти телефон, по нему паспорт и всё это записывается и хранится вечно.
Почему бы не сделать на сайте скачивание Android-приложения, как это сделал github, и регистрироваться через такое приложение, без email?
Если так хочется двухфакторности, то вместо email ещё есть XMPP и XEP-0445.