Не ядро Linux, а все базовые составляющие дистрибутива: ядро, системные библиотеки, систему инициализации, графическую подсистему, десктопное окруженние, звуковую систему… Что бы вы в первую очередь изменили? Именно речь о том, что затруднительно изменить в существующей системе.
Ну я бы, из того, что приходит в голову, сделал бы стабильный API для модулей ядра. Хотя бы для драйверов конкретных типов оборудования. Да, ядро должно развиваться, но не все драйверы принимают в апстрим. Даже свободные, например, драйвер для ZFS.
Ещё бы сделал ограничение доступа приложений к системным ресурсам как в Android. Не обязательно для всех приложений, можно опционально. Если пользователь доверяет приложению (или технически затруднительно проконтролировать), то пользователь может дать полные права. А если не доверяет, то приложение должно вручную запрашивать разрешения на работу с камерой, микрофоном, произвольному доступу к файлам, скриншотам и т.п.