Что по вашему мнению нуждается в шифровании, какие каталоги? И нужно ли для них выделять отдельный раздел?
Очевидно, что /boot, /etc, /bin, /sbin, /lib*, /opt точно не нуждаются в шифровании. В /home и /root тоже мало что нуждается в шифровании. А /tmp нуждается в шифровке, если он в tmpfs?