Задрали если честно нервные вопли про "лишние" зависимости. Если есть зависимость, значит она обеспечивает какой-то функционал. Если функционал есть, а зависимость не прописана, значит это, что при умолчательной установке часть функционала будет отсутствовать - а кастрированное ПО не нужно.
В сусевском репе Avogadro лежал, у которого зависимость от openbabel не прописана. Первый раз когда поставил - смотрю, расчеты все не работают. Пришлось ковыряться, искать, а где чего не поставилось, а это время и ненужные телодвижения.