скрытый раздел

Вроде если раздел описан в fstab (даже с noauto) он его не монтирует автоматически. Еще можно написать свой fdi для HAL, который будет именно для этого раздела снимать ключ, говорящий о том, что его можно автомонтировать.

средствами таблицы разделов это возможно?

Вот уж этого не знаю, не занимался никогда таким, это надо экспериментировать.

Поставь тип 0xFF, должен перестать монтировать

Использовать LVM ;)
Если PV весь диск, а не раздел - то даже fdisk ничего не увидит. Но записать на "пустой" диск по ошибке очень легко..

LVM не для usbflash