LINUX.ORG.RU
ФорумTalks

OpenOffice.org Chemistry - поможем химикам перейти на линукс!


0

0

Любой химик, желающий использовать Линукс, сталкивается с одной серьезной проблемой: отстутствием возможности редактировать структурные формулы, внедренные в текст. Это может быть реализовано с помощью OLE-объекта, созданного посредством OpenOffice.org API.

Сайт проекта: http://sourceforge.net/projects/oochemistry

У нас есть разработчики, однако среди нас нет никого, кто имел бы дело с OpenOffice.org API раньше. Если здесь есть кто-то, имевший дело с OpenOffice.org API, ваша помощь была бы неоценимой.

Наш IRC: #oochemistry на irc.freenode.net (общение на английском)

Если вы хорошо разбираетесь в устройстве какой-дибо из существующих программ для рисования химических структур, мы тоже будем рады помощи

★★★★★

Могу быть бета-тестером :)

hibou ★★★★★
()

Любой химик должен сначала ТеХ осилить а кто в офесе пишет статьи тех тех на урановые рудники нанотехнологии добывать

ce_tamotko_za_uzori
()

Сейчас придут линукс-кульхацкеры первой волны и скажут, что ООО не нужен, а для химических формул уже есть какая-нибудь тру-гитлер-консольная программа с маном в 42 страницы.

Camel_Toe
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

Кстати, ТеХ я еще осилить не пытался, но вот недавно рисовал схему главных метаболических путей у бактерий. Ну там гликолиз с циклом трикарбоновых кислот вместе со всеми шунтами, пентозофосфатный путь, путь Энтнера-Дудорова и т.д. ТеХ сможет такое изобразить?

hibou ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

>Любой химик должен сначала ТеХ осилить а кто в офесе пишет статьи тех тех на урановые рудники нанотехнологии добывать

Причем тут вообще ТеХ? Эта штуковина не имеет возможностей построения структурных формул, а про обычные и разговора нет

Писать статьи в ТеХ'e: идея была бы неплоха, если бы российские журналы их принимали

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Camel_Toe

>Сейчас придут линукс-кульхацкеры первой волны и скажут, что ООО не нужен, а для химических формул уже есть какая-нибудь тру-гитлер-консольная программа с маном в 42 страницы.

Для рисования формул есть туева хуча опенсорного софта, как простого, так и сложного. Проблема в том, что нет способа редактировать вставленную формулу, так как в Linux нет OLE

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от hibou

>Ну там гликолиз с циклом трикарбоновых кислот вместе со всеми шунтами, пентозофосфатный путь, путь Энтнера-Дудорова и т.д. ТеХ сможет такое изобразить?

Это? http://homepage3.nifty.com/xymtex/fujitas3/xymtex/indexe.html

Смотреть pdf с документацией.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от timth

Схема, что я нарисовал, у меня в Москве, дома. А я сейчас в Нижнем Новгороде. Еще раз на память мне уже не повторить.

Например: первая стадия реакций гликолиза - превращение альдозы в кетозу.

hibou ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Camel_Toe

> с маном в 42 страницы

труЪ редактор не может иметь столь ничтожный ман

Manhunt ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

> Это? http://homepage3.nifty.com/xymtex/fujitas3/xymtex/indexe.html

"An Extension for Drawing Steroid Derivatives."

выглядит, конечно, круто, спору нет. и для стероидов & K вполне, наверное, даже круто. но мир химии не ограничивается одними стероидами.

// wbr

klalafuda ★☆☆
()
Ответ на: комментарий от annulen

> Писать статьи в ТеХ'e: идея была бы неплоха, если бы российские журналы их принимали

Те, кто не принимает LaTeX, с тем же успехом не будет принимать расширения OO.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от klalafuda

> выглядит, конечно, круто, спору нет. и для стероидов & K вполне, наверное, даже круто. но мир химии не ограничивается одними стероидами.

Я совсем не спец в мире химии. Для всяких стрелочек и обозначений есть отдельные пакеты. По отзывам весьма приличные.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от timth

> написано же химтех структурные формулы рисует. в его мануале куча примеров.

Старый он :( Хотя то, что используют в ЖТФ сравнимо с экскрементами мамонтов по возрасту :( С другой стороны рисовать вроде можно.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от klalafuda

XyMTeX System for Drawing Chemical Structures

> "An Extension for Drawing Steroid Derivatives."

Э че?

$ curl http://homepage3.nifty.com/xymtex/fujitas3/xymtex/indexe.html|grep -i steroid
$

Six-Membered Carbocycles
Carbocycles with Fused Six-Membered Rings
Fused Tricyclic Carbocycles and Steroids
Five- or Lower-Membered Carbocycles
Six-Membered Heterocycles
Five- or Lower-Membered Heterocycles
Heterocycles with Fused Six-to-Six-Membered Rings
Heterocycles with Fused Six-to-Five-Membered RIngs
Building Blocks
Further Cyclic Compounds
Aliphatic Compounds
Combining structures
Large Substituents
Polymers
Chemical Environments
Reaction Schemes
Boxes

ce_tamotko_za_uzori
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

физику сложно в латехной химии ориентироваться. проще ОПу нагуглить по ключевым словам, что мы здесь развели.

а вообще графика к нему, хотя бы ввиде плюгина к LyX не помешала. когда формула сильно двумерная, становится сложно в её коде ориентироваться, с форматированием выёживаться приходится.

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

> Это ты че-то старый. The latest version: 2009/06/15

Значит я спутал. Был ещё chemtex - один из первых (если не первый) рисовальных пакетов над LaTeX

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

> Я совсем не спец в мире химии. Для всяких стрелочек и обозначений есть отдельные пакеты. По отзывам весьма приличные.

впрочем, нет, судя по всему, я ошибся:

Manuals for respective versions. They are effective for the latest version.
* Version 1.01xymtex.pdf
* Version 2.00xymtx200.pdf
* Version 3.00xymtx300.pdf
* Version 4.01xymtx401.pdf
* Version 4.02&4.03xymtx402403.pdf
* Version 4.04xymtx404.pdf

я так понял, что это один и тот же мануал но для разных версий пакета. однако, это не так и пакет позволяет рисовать существенно более широкие классы формул, нежели ориентирован на стероиды (xymtx404.pdf). в таком ракурсе он, конечно, существенно полезнее. впрочем, замена это офису или нет - это уже кому как.

// wbr

klalafuda ★☆☆
()
Ответ на: комментарий от klalafuda

> впрочем, замена это офису или нет - это уже кому как.

Всё-таки цель делать качественные публикации, а быть чьей-то заменой весьма вторично.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от hibou

> ТеХ сможет такое изобразить?

TeX сможет изобразить картинку, а картинки для химических элементов уж точно какая-нить консольная програмка с маном всего в 40 страниц умеет рисовать... Ну и еще она всяко в TeX интегрирована... Уж какая-нибудь то точно...

http://rus-linux.net/po.php?name=po/po-10.koi#chem

ei-grad ★★★★★
()

Да неужели вы думаете, что люди, привыкшие править формулы мышкой в ворде будут переходить на ТеХ?

Вариант возможен только при наличии графического интерфейса. Для самого теха он худо-бедно есть, а для химии придется делать с нуля. И мне кажется, что освоить Writer бывшим пользователям Ворда все-таки проще, чем какой-нибудь LyX

В прогах для рисования структур химтех не применяется, единственным стандартом, и то не всеми поддерживаемом, является CML

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

> в науке не нужны

Чёрт его знает. Есть классные специалисты, которые вообще с компьютерами не общаются, но это действительно вымирающий уже вид.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annulen

writer удобен для меленьких работ. автоматизация latex становится ощютима на больших. вот и всё.

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от annulen

> ну тогда вперед, идите разгоняйте РАН

А причём здесь РАН? Хриплович, например, (член корр) вполне себе LaTeXом пользуется.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

не вам решать. многие ещё рукописи используют.

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

другое дело, что что пересылать остальынм надо в читабельном виде. но старики вымирают, а молодым надо бы правильные программы использовать.

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

>А причём здесь РАН? Хриплович, например, (член корр) вполне себе LaTeXом пользуется.

Я имел в виду институты, а не отдельных академиков

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от annulen

отсутсвие компьютерной культуры это беда, а не повод для злорадства.

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от annulen

> ну тогда вперед, идите разгоняйте РАН

А РАН давно пора разгонять, там концентрация учёных сейчас на уровне 1% а остальнии то проходимцы пытающиеся косить под учёных

ce_tamotko_za_uzori
()
Ответ на: комментарий от annulen

и вообще, вопрос ТеХ или не ТеХ не ставился, ибо химики-нетеоретики не используют его чуть менее, чем полностью Задача в том, чтобы прикрутить редактирование формул к опенофису, а уж как они будут должны внутри документа, вопрос отдельный

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

> А РАН давно пора разгонять, там концентрация учёных сейчас на уровне 1% а остальнии то проходимцы пытающиеся косить под учёных

ты РАН и РАЕН не путаешь?

http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%90%D0%95%D0%9D

moot ★★★★
()
Ответ на: комментарий от annulen

для этого есть oooLaTeX, использовал его, когда надо было в .doc

timth ★☆
()
Ответ на: комментарий от ei-grad

Нужно примерно такое. Это без шунтов. И тут не все пути.

 
          _
          |
          |\______
          |       \ 
          |--------\
         /|        /
      __/ |       / 
      \   |      / 
       \  |     / 
        \ |    /  
         \|___/ 
          | 
          \
      _____\__
     /        \__
    /            \ 
    \            /
     \__________/

hibou ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от annulen

>>А причём здесь РАН? Хриплович, например, (член корр) вполне себе LaTeXом пользуется.

>Я имел в виду институты, а не отдельных академиков

А причём здесь институты? Я работаю в институте РАН. В РАН конечно весьма не просто заниматься наукой, но хотя бы это теоретически возможно. То что рассказывают про альтернативы aka Ковальчук и компания выгялидят не аппетитно.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от moot

Я знаю че такое ран сам 5 лет работал все видел как все умнии люди разъехалисе й как гранти добываются й какая тамо сидит мафие в совете рффи й как фундаментальнии исследование все сдулисе че за них-от денек не дадут че у ково есть деньги тот не знает че такое метот хартри фока боголюбова и че такое гильбертови пространства он знает только инвестицие и прибиль и нацйональнии престиш (ладно я хоть уехал оттудо)

ce_tamotko_za_uzori
()
Ответ на: комментарий от ce_tamotko_za_uzori

> (ладно я хоть уехал оттудо)

Вариант, но IMHO не для меня, как минимум пока. А уничтожать чтобы просто уничтожить как-то не комильфо. Бессмысленно.

Evgueni ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Evgueni

Сплошной оффтопик. Выпиливание РАН настолько же маловероятно, насколько тотальное освоение химиками ТеХа. Он и для математики не очень прост, а вы пробовали химтехом описать координационные соединения с множеством металлоцентров и сложными органическими лигандами? я нет, и не собираюсь, покрайней мере пока нет гуя

Если есть кто-то разбирающийся в ОО API, пишите, хватит флудить

annulen ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от annulen

>Он и для математики не очень прост

Для математики TeX не просто прост, а очень прост. Математические формулы плоские.

Про cymtex действительно отзывались, что качество вывода очень хорошо, но к нему бы оболочку. IMHO в этом направлении и следует развиваться.

Evgueni ★★★★★
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.