С одной стороны, стандарт fb2.zip. С другой, книги, в основном, русские, а названиях их, в т.ч. и в архиве пишут транслитом, что вполне разумно, при распространении. В то же время, для себя надо сделать максимально удобно, поэтому названия желательно написать на русском. Хранить в распакованном виде? Распаковывать, переименовывать, запаковывать? Переименовать только архив, а внутри пусть будет транслит? Это раз.
Как научить наутилус, например, открывать zip — архив менеджером, а fb2.zip — читалкой? Он определяет чем открывать не по расширению, а по содержимому, поэтому считает их одним и тем же типом файлов (ну, по сути, так и есть :)). Это два.
