Решил сравнить: Натравил на свою домашнюю папку знаменитый fdupes и менее известный duff:
fdupes -r .
real 4m15.049s
user 2m50.062s
sys 0m13.729s
Кол-во строк с дубликатами - 2,632
duff -ra .
real 0m15.026s
user 0m12.889s
sys 0m0.643s
Кол-во строк с дубликатами - 2,722
При том, что было найдено больше всякой мелочевки duff просканировал папку гораздо быстрее.