Несклько лет назад, когда я пользовался дома вендой, для конвертирования аудио я использовал опенсорсный Bonkenc. IMHO из свободных был наиболее удобным.
Сегодня случайно обнаружил что теперь сделали версию и под Линукс. Лучше поздно чем никогда :D Мне его очень не хватало года три назад, но потом я нашёл pacpl.
Название программы они зачем то переименовали во Fre:ac.
Собственно, проект на SourceForge и их оффсайт.
ЗЫ: там даже поддержку cue сделали, отлично!
Впрочем, пока немного глючноватое (попробовал сейчас поконвертировать flac+cue в ogg)...
И почему то библиотеки кодеков использует свои, а не установленные в сестеме, вследствие чего использует стандартный libvorbis вместо Aotuv (вендовая версия вроде использовала aotuv).
