Пожалуйста, проведите следующий тест (N - количество логических CPU в системе). Запустите N/2 копий [ bzip2 < /dev/zero > /dev/null & ] и посмотрите в htop, что нагрузка идёт на физические ядра, т.е. если у вас 8 логических CPU и запущено 4 копии bzip2, то тогда должны быть заняты реальные процессоры из пар:
1,2 -> bzip2
3,4 -> bzip2
5,6 -> bzip2
7,8 -> bzip2
Если у вас ядро кидает bzip2 на, например, 2 HT потока одного процессора (1:2:4:6), то это неправильно.
Прошу понаблюдать на незанятой системе хотя бы пару минут и сообщить сюда об результатах. Я это проверял на ядре в районе 2.6.33, и результаты оказались крайне неприятными.
Хочу пожаловаться Инге Мольнару, если бага до сих пор не решена.