Попробовал недавно третий гном ради смеха и обнаружил кое-что интересное.
Оказалось, что теперь возможно использовать эмблемы для файлов и директорий в наутилусе (как вы знаете, в третьем наутилусе их выпилили и в ранних версиях этот трюк не проканывал).
Кому интересно, то это делается так:
$ gvfs-set-attribute FILE -t stringv metadata::emblems EMBLEMS
Удалить эмблемы у файла/директории можно так:
$ gvfs-set-attribute FILE -t stringv metadata::emblems none
Список эмблем можно посмотреть в директории emblems темы иконок.
(например, файл emblem-favorite.png задает эмблему под именем favorite)
З.Ы.: Archlinux, Nautilus 3.2.1
З.Ы.Ы: Да, не юзерфрендли, но сам факт уже радует.