По вполне очевидным (анонимность пользователя) причинам i2p не позволяет реализовать такой протокол без изменений. Именно поэтому maggot созданы для замены magnet внутри i2p.
magnet вполне может работать, но только при условии что такой торрент (с указанным хешем) есть хотя бы на одном из публичных трекеров. Т.е грубо говоря magnet не работает так, как работает в «большом» интернете. Когда ты добавляешь magnet ссылку то информацию о торренте и пирах ты получаешь не через DHT, а с трекера.