Дарю идею

А что это?

community/pdfmod 0.9.1-4
    Simple application for modifying PDF written in C Sharp

http://live.gnome.org/PdfMod

Кстати, вот статья в тему:
http://whitequark.org/blog/2012/05/06/reaching-the-limits-of-adobe-stupidity/

Типичный подход линуксоида. Идея была бы хороша, если бы звучала «напишите ПО, которое умеет что-то, чего не умеют аналоги» или «сделайте, чтобы существующее ПО работало лучше/стабильнее». А «напишите ещё одну программку, которая толком ничего не может, но зато монофобы и тулкитозадроты порадуются СВОБОДЕ!» - никому не поможет.

qpdf

pdftk

Я легко могу модифицировать PDF - вот например:

f = open('xyz.pdf','ab')
f.write('Hello fucking World')
f.close()

Всё! PDF модифицирован! Если вы имели в виду не это я готов рассмотреть ваши просьбы детальнее. JFF я люблю - если задача интересная

«Напишите замену» - плохой подход, рождающий 100500 велосипедов. Не вижу в нем смысла, когда программа есть, работает и под свободной лицензией. А что там внутри - дело разработчиков.

Давно есть. PdfEdit.