LINUX.ORG.RU
ФорумTalks

Реализована софтовая симуляция живого организма

 


2

2

http://www.nytimes.com/2012/07/21/science/in-a-first-an-entire-organism-is-si...

Для ЪЪ: там о том, что при помощи кластера из 128 компьютеров полностью симулирован жизненный цикл одноклеточного Mycoplasma genitalium (название намекает на его естественное место обитания).

Более детальная версия для Ъ будет, когда появятся жаждущие.

Живой софт - теперь реальность.

Дискасс.

Deleted

надо было сразу уточнять, что Mycoplasma genitalium выбрана из-за размера генома. ибо у нее один из самых маленьких.

надо почитать внимательнее, но, скорее всего, практической пользы от данной конкретной работы не будет. j4f работа.

silw ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Deleted

ИМХО, серьезный камень в огород креа^W5.3

Наоборот же! Если человек сможет создать жизнь, значит и он сам мог быть создан.

А во-вторых чёто про эти симуляци уже много лет подряд рассказывают, а толку от этого как-то не видно. Ну и насчёт того что оно там 'полное' — то полное до какого-то уровня только... Врядли там всё до малейшего бозончика хиггса всё учитывается.

Bad_ptr ★★★★★
()

если кто-то заинтересуется, вот оригинальная статья.

silw ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Врядли там всё до малейшего бозончика хиггса всё учитывается.

Есть определённая точность дальше которой симулировать нет необходимости. Допустим, можно полностью проссчитать движение автомобиля при столкновении не опускаясь до уровня отдельных атомов, а опрериуя лишь проскостями и т. д.

Иначе получается стреляние из пушки по воробьям.

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Если человек сможет создать жизнь, значит и он сам мог быть создан.

Если человек может создать жизнь, то это значит, что человек может создать жизнь. Не более того.

Artificial_Thought ★★★★
()
Ответ на: комментарий от Igron

Закон Хауса гласит, что каждые 18 месяцев производительность процессоров удваивается. На основе этого можно проводить рассчеты для колонии подобных бактерий.

Теперь, если допустить, что алгоритмическая сложность симуляции O(N*M), где N - количество клеток, а M - количество атомов, из которых клетка состоит, то можно рассчитать.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Допустим,

Нет уж :).

можно полностью проссчитать движение автомобиля при столкновении не опускаясь до уровня отдельных атомов, а опрериуя лишь проскостями и т. д.

Да и из этого получится не точная картина реальности, а некоторое приближение.
Кто знает, возможно устройство живых организмов настолько сложно и охватывает все уровни материи, что эффекты аппроксимации могут сыграть значимую роль.

Bad_ptr ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

все уровни материи

Глубже электронных оболочек не суются. Эксперимент показывает, что разные изотопы в живых процессах себя ведут одинаково (если не рассматривать крайний случай изотопов водорода).

Artificial_Thought ★★★★
()
Ответ на: комментарий от silw

In addition, experimental analysis directed by model predictions identified previously undetected kinetic parameters and biological functions

То есть модель вполне рабочая и точная.

Artificial_Thought ★★★★
()
Ответ на: комментарий от Artificial_Thought

А также баланса C(12) в фотосинтезируемой глюкозе.

AITap ★★★★★
()
Последнее исправление: AITap (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от Artificial_Thought

Ну я про это говорил. Опытным путём можно определить какие приближения допустимы. В примере с машиной опытным путём было выяснено, что приближение на уровне целых геометрических фигур вполне допустимы, ибо результат получается идентичным реальности.

KivApple ★★★★★
()

Ого. Огромный шаг для биоинженерии всех видов. Даже сложно с чемто сравнить.

Как минимум открывает дорогу для создания почти «полностью искусственных» организмов - а это терраформинг планет, новые материалы, реальные нанотехнологии-нанороботы .... ну и новые ужасы прогресса :D

kernel ★★☆
()
Ответ на: комментарий от Deleted

[вещества]

Т.к. мы не знаем, из скольких атомов состоят бактериальные клетки, а гуглить статистическую информацию, позволяющую рассчитать это, мне лень, можно взять очень грубую модель: все атомы одинаковые. Тогда можно будет оперировать весом клетки.

Масса средней бактериальной клетки составляет около 4 * 10 ^ (-13) г.

Средний вес мужчины (по версии википедии) - 70-80 кг, возьмем 75 кг. Т.е., если допустить, что все атомы одинаковы, что у бактерий, что у человека, и алгоритмическая сложность симуляции пропорциональна количеству атомов, то это значит, что на симуляцию среднего взрослого мужчины нужно в 187500000000000000 раз больше ресурсов, чем на бактерию.

Т.е., на одном компьютере всего человека можно будет симулировать примерно через 97 лет, если я нигде не ошибся. Модель, конечно, очень грубая, но если допустить, что закон Хауса верен, отклонение от реальности должно быть в пределах нескольких лет (вследствие экспоненциального роста производительности погрешность вследствие грубости модели в конечном итоге играет не такую уж большую роль).

Но это если вот так вот низкоуровнево эмулировать человека. А ведь на самом-то деле все это не нужно, можно эмулировать человека намного более высокоуровнево, в такой глубокой низкоуровневой эмуляции есть смысл только для одноклеточных.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Наоборот же! Если человек сможет создать жизнь, значит и он сам мог быть создан.

Мог быть. А мог и не быть. Зато это ясно показывает, что ничего сверхъестественного в этом нет.

Ну и насчёт того что оно там 'полное' — то полное до какого-то уровня только... Врядли там всё до малейшего бозончика хиггса всё учитывается.

Нет нужды в столь глубокой симуляции.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Ну и насчёт того что оно там 'полное' — то полное до какого-то уровня только... Врядли там всё до малейшего бозончика хиггса всё учитывается.

Начиная с определённого уровня наращивание точности становится ненужным. Самый простой пример - симуляция броуновского движения, где вместо моделирования движения всех частиц используется естественная мат. погрешность при опирациях с числами, которая даёт нужный результат.

aleks13
()
Ответ на: комментарий от Artificial_Thought

Сотрудник Intel такой был. Исходя из закона Мура (количество транзисторов увеличивается каждые 24 месяца), а также из того, что увеличение производительности идет не только за счет увеличения количества транзисторов, сказал, что производительность процессоров удваивается каждые 18 месяцев.

Подробности ищи на википедии.

Deleted
()

ИМХО, серьезный камень в огород креа^W5.3

Ты хотел сказать в гроб кретинистов? :}

FiXer ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от Artificial_Thought

Эксперимент показывает, что разные изотопы в живых процессах себя ведут одинаково

Вообще-то это неверно например для фотосинтеза

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Ъ?

Currently it takes about 9 to 10 hours of computer time to simulate a single division of the smallest cell — about the same time the cell takes to divide in its natural environment.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от Artificial_Thought

Если человек смог создать жизнь, значит в этом нет ничего особенного. Человек не хуже бога. Значит если бог и есть, то это просто представитель какой-то другой цивилизации, которые получше освоили межзвёздные перелёты. Это же какой облом для кучу религий...

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от aleks13

Через какое-то время мы освоим дальние космические полёты плюс мощность компьютеров многократно возрастёт (можно будет симулировать организмы гораздо крупнее бактерий). В таком случае мы становимся равным богу, если сами можем создавать миры. А если так, то зачем кому-то поклоняться?

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Deleted

ничего сверхъестественного в этом нет.

в таком случае — это камень не в огород креационистов, а их частного случая в виде ортодоксальных христиано-муслимов.

Bad_ptr ★★★★★
()

Теперь пусть запилят эволюцию этих самых клеток.

Sadler ★★★
()
Ответ на: комментарий от silw

Mycoplasma genitalium выбрана из-за размера генома. ибо у нее один из самых маленьких.

У E. coli геном всего вчетверо больше и половина генов некритична для роста на богатых средах. А у микоплазмы даже нормальной клеточной стенки нет.

но, скорее всего, практической пользы от данной конкретной работы не будет. j4f работа.

а у Крейга все так, пиар-пиар, надо же бабло зарабатывать.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: Ъ? от Deleted

takes about 9 to 10 hours of computer time to simulate a single division of the smallest cell

что-то слишком шустро. Полагаю симуляция была чисто статистическая (скрытые марковские модели и тд), ибо сейчас нет даже нормального способа посчитать белок-белковое взаимодействие.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Ты забываешь про всякие там камушки, звёздочки и прочие тёмные материи. Так что о равенстве можно будет говорить, только когда мы сможем симулировать полностью замкнутую вселенную, а до этого ещё далекова-то. ;)

aleks13
()

troll

Оно уже может эволюционировать в человека или чего-то подобное?

ViTeX ★★★★
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Ну так а «креационисты» из серии «нас создала другая цивилизация» - это и не креационисты вовсе.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от aleks13

Симулировать всю вселенную не обязательно. Достаточно иметь возможность создать её компоненты - то есть нужна планета - терроформировали, нужна жизнь на планете - сделали. Симуляции нужны для просчёта, чтобы не методом тыка всё делать. Сначала вычислить необходимый геном на компьютере, а потом уже создать бактерию с точно заданными свойствами.

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Иначе получается стреляние из пушки по воробьям.

Стрельба же, ну! :)

AP ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Через какое-то время мы освоим дальние космические полёты плюс мощность компьютеров многократно возрастёт

Да, по-моему, никому это не нужно. (из тех кто обладает властью и ресурсами)

ViTeX ★★★★
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Симулировать всю вселенную не обязательно. Достаточно иметь возможность создать её компоненты - то есть нужна планета - терроформировали, нужна жизнь на планете - сделали.

Всегда приятно видеть в треде настоящего специалиста, крепко знающего своё дело.

AP ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Deleted

Если по возможностям они стали равны, то разница есть только для упоротых.

Не забываем, что с такими симуляциями можно и себя любимых улучшить (сделать нормальную регенерацию, продлить жизнь и т. д.). В сочетании с другими технологиями можно будет устраивать для низко развитых цивилизаций шоу со спецэффектами похлеще библейских.

KivApple ★★★★★
()

софтовая симуляция живого организма

заголовок желтый. На самом деле симулировали лишь включение/выключение генов на протяжении всего жизненного цикла. При масштабировании модели(например попытке посмотреть как ведет себя клетка при изменении pH) могут быть серьезные проблемы

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от ViTeX

Да, по-моему, никому это не нужно. (из тех кто обладает властью и ресурсами)

Ты никогда не читал политоту заграничные особняки российских чиновников? Да они первыми на космический трактор сядут :)

AP ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Deleted

«креационисты» из серии «нас создала другая цивилизация» - это и не креационисты вовсе.

А кто? И почему не? :?

Bad_ptr ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Ок. Даже если по компонентам, то надо тогда не по принципу - «есть планета - терраформировали», а «нужна планета - включили в нужном месте и с нужными параметрами».

aleks13
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

ну про белок/белок, белок/нуклеиновая кислота я не очень согласен. MD, QM/MM, ab initio MD дают вполне удовлетворительные результаты. Во всяком случае достаточные для построения логики дальнейших мокрых экспериментов.

silw ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от silw

MD, QM/MM, ab initio MD дают вполне удовлетворительные результаты.

удовлетворительные, но погрешность нехилая. Для дизайна эксперимента да, подходт, как и для отбора кандидатов. Но вот до моделирования клетки там как до Луны пешочком.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от KivApple

Если по возможностям они стали равны, то разница есть только для упоротых.

Вот. К этому я и веду. Любая религия запрещает приравнивать человека к Богу.

Deleted
()
Ответ на: комментарий от Bad_ptr

Если разворачивать рекурсию, то в конце-концов окажется, что те, кто создал тех, кто создал тех, кто созадл тех, [много раз «кто созадл тех»], кто создал нас - зародились сами.

Deleted
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.