Ну как бы вирусу незачем создавать новые файлы: можно модифицировать старые. Под ДОС все они так и работали. Что-то с тех пор изменилось? Ну кроме того, что не то что появление нового, а даже изменения старого зачастую бросалось в глаза при обычном использовании системы. Файлов было меньше и занимали они меньше.