Откуда такая страсть упаковывать Жаву в пакеты? Стандартные пакетники делались для нативных сишных прог, но у жавы абсолютно другой подход к дистрибуции модулей.
Если уж так сильно хочется ставить пакетником, наверное, для жавных прог нужно иметь какой-то кусок файловой системы со своей нескучной структурой, и какое-то расширение к пакетнику, которое умеет с этой структурой работать? Например, если мы устанавливаем из source-пакета прогу, собираемую Maven, нам нужно уважать скорее правила Мавена, чем что-либо другое. Остальной мэйнстрим (gradle, ivy, ant), тоже весь известен.
То же самое про моно и дотнетные сборки. То же про питон, перл, пхп, руби, и всё остальное, что не написано на Православном и Крестах.
Связанный с этим вопрос. Почему нигде нормально не реализована установка софта на уровне юзера? Т.е. чтобы юзер мог дернуть пакетный менеджер и попросить установить всё в собственный хомячок. В той же винде в инсталляторах есть галка «установить для всех»/«установить только для меня». Например, хочу я поставить Эклипсу, говорю pacman -S --onlyforme eclipse, и он ставит ее в ~/opt/eclipse, линкает экзешник в ~/bin, проверяет что в /etc/profile есть PATH=$HOME/bin, это же так очевидно. И не надо тут про relocate, автоматом это не заработает.