Вот такую вещь я заметил на своем Debian testing: Заходим в скайп, звоним - собеседник меня не слышит, заходим настройки, выбираем любой пункт в разделе микрофон, жмем «apply», выбираем нужный пункт в пазделе микрофон, жмем «apply», нас слышат пару секунд, лезем в микшер и дергаем ползунок на capture 2(в моем случае), нас слышно нормально. Баг скайпа, альзы или рук?
P.S. На 4.0 все работало искаропки.