Я у себя на бложике набросал пост на эту тему.
Тезисно: забыть о версиях, забыть о библиотеках как неделимом целом, каждую зависимость (неважно, какую и в какой среде - метод ли нативный, класс ли jvm) идентифицировать по паре (имя, хэш от кода).
Дискасс. При наличии интереса - возможно запилю плагины к maven и особый уличный класслодер. При наличии большого интереса - запилю новый формат бинарей для ведра и прикручу обертку к какому-нибудь там llvm.