Когда передо мной встала подобная задача при подготовке DVD (слегка усложнённая тем, что куски могут быть в разных кодеках и разных разрешениях), сделал так:
Этап 0. Сортируем клипы по критерию PAL/NTSC (смотреть на fps либо в случае wmv -- на разрешение). Если fps отличается от 25 (PAL), 29.97 (NTSC), 23.976 (NTSC), при перегонке жёстко прописываем ближайший -ofps из указанных.
Этап 1. Перегоняем всё в DV при помощи наираспоследнего CVS-ffmpeg.
Этап 2. Клеим, делаем переходы, эффекты и т.п. в Kino.
Этап 3. Выгоняем в DVD-video (transcode через mpeg2enc + DVDStyler)
Этап 4. Режем диск.
Можно сделать и в avidemux2 (предварительно перегнав wmv во что-то нормальное), но в форматах, отличных от RAW, DV, mjpeg и huffyuv нельзя редактировать по неключевому кадру.
Программу не посоветую, так как не знаю, но, возможно, тебе еще потребуется и будет интересен обзор по работе с видео, ссылку на хорошую статью в "Компьютерре", на моей конференции разместил, как раз недавно http://www.teleology.ru/cgi-bin/ib1/ikonboard.cgi?act=ST;f=9;t=56