И в той и другой ОС имеются директории, куда имеет право писать только администратов в win и root в линуксе. Однако в линуксе обычный пользователь по-умолчанию имеет право на запись только в свою директорию и /tmp. В виндовсе же обычный пользователь по умолчанию может писать прямо в корень диска C.
Так как здесь много людей пользующихся и тем и другим, хотелось бы попросить сравнить безопасность обоих подходов.