Не совсем веб, скорее python. Есть проект на Flask, файл настроек config.py со всякими там DEBUG = True. Это штатный способ хранения настроек.
А как лучше всего их изменять? При первом запуске сайта его нужно настроить и сохранить изменения (инициализировать DB итд). Самый простой способ - смотреть, лежит ли в корне пустой файл firstrun и после настройки стирать его. Но это не по фен-шую, диском шуршать. Еще есть configparser, но он для конфигов совсем другого формата, придется кое-что переписать. Поэтому вопрос, чем быстро и просто менять настройки в py-файлах? Парсить регулярками лень, вдруг есть какая-то библиотека на этот случай.