Webpack для сборки бекенда

Как правильно собирать это все в один .js файл

зачем?

Много кода на CoffeeScript с применением CommonJS
Также есть пачка CSON файлов
Хочется все это собрать в один файл, что бы легко деплоить и не тянуть CoffeeScript на сервер

аа, кофескриптомпроблемы

насколько я знаю, люди трансшпилят его обратно в javascript в тех же папках, а обычно на бекенде нет никакого смысла конкатенировать файлы в один так то, я только js на бекенде использовал, сборку какую то не делал и не видел что кто либо где-нибудь ее делал.. производительности тебе это не даст никакой, бекенд это не браузер

Я хочу это все в один файл, что бы легко деплоить
У меня и JavaScript код тоже есть, и парочка нативных модулей
У меня файлов сотня, это не дело
Вот один файл - можно легко заменить и все

а зачем ты деплоишь руками?

Деплою гитом, просто в будущем я приложение может распространять буду, на коммерческой основе
Все таки не стоит?

тогда пиши на Go, там на выходе один бинарь и все.

ты просто ждешь от инструмента того, чего он тебе дать по нормальному не может.

Как раз наоборот, я привык к Express, PouchDB, Lodash и прототипному программированию на JS, к CoffeeScript и т.д.
Вот как на Go сделать такое:

Array::extend = (arr) -> @.concat arr
a = [1..7]
b = [9..16]
a.extend b # => [ 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 ]
Number.isNaN c[-1..] # => false

В качестве ответа на ваш изначальный вопрос: http://webpack.github.io/docs/library-and-externals.html

externals allows you to specify dependencies for your library that are not resolved by webpack, but become dependencies of the output. This means they are imported from the environment during runtime.

В контексте ноды это как раз то, что вам нужно.

Что касается деплоя, то я бы предложил сделать сборку + тестирование + деплой через Gulp. А в будущем присмотреться к continuous integration.

Вместо галпа у меня Makefile, которого хватает
А деплой - у меня pet-project, который делаю для себя, но в будущем выложу на GitHub
И если смогу таки сделать то, что хочу - буду распространять дистрибутив нормально, одним бандлом

https://github.com/liady/webpack-node-externals