nginx + php-fpm - процессы висят часами

Так это поведение по умолчанию. Воркеры php-fpm не завершаются после обработки одного запроса, а используются повторно для обработки следующих. Там есть разные варианты настройки, но по умолчанию так. Смотри конфиг, параметр pm (в дефолтном конфиге весьма подробные комментарии, считай документация)

Они в состоянии R, т.е. выполняют какой-то код. Ищи по логам нгинкса запросы с кодом ответа 499. Также можешь ограничить max_execution_time каким-нибудь нормальным значением, например 30