Какой формат БД MySQL держать на сервере?

А какие задачи будет решать БД?

Онлайн БД.

Юзеры будут редактировать таблицы БД. Их не очень много.
Связей между таблицами полно.

Нужно лили запрещать или каскадно удалять.

> MyISAM - без поддержки ссылочной целостности (прийдется реализовывать на уровне Zend Framework) или другая - с поддержкой?

Делай с поддержкой. Зачем тебе изобретать велик, пусть даже и на уровне Zend Framework.

По-моему нет аргументов в пользу решения с MyISAM.

А кем связи добавлять?

В смысле я уже перевел с помощью PHPMyAdmin каждую таблицу в InnoDB.

Как теперь добавить связи, как в Access?

>Как теперь добавить связи

Или запросом, что есть Ъ, или в пхпмайадмине заходишь в Структуру таблицы, в конце страницы есть линк "Просмотр зависимостей".

Связи называется этот пункт

Возможно, у меня локализация другая

а ты почитай доки на mysql.com.

Если сомневаешься, то юзай innodb. Ему хотя бы rapair table не понадобится после крэша базы.

INNODB, postgresql.