Поверхностный гуглёж подсказал следующий формат:
out | in
_________|__________
A | B
A | C
B | D
C | B
C | D
Т.е. указываем одни рёбра. Кажется, это не очень быстро. Посоветуйте, пожалуйста, чтива.
P.S. Основная база - PostgreSQL. Хотелось бы оставить все данные в ней.