LINUX.ORG.RU

Химический реверс-инжиниринг или не дизассемблером единым

 ,


0

2

Давно мне был интересен состав некоторых реагентов, с которыми работаю, а тут по работе порвался до ЯМР спектрометрии и понеслось.

На скрине окно Bruker TopSpin 4.4.1 (академическая лицензия, стоит на ноуте с кубунтой, да, оно есть полное на Линукс) со спектром 5х ГЦ буфера полимеразы Phusion (химерная полимераза Sso7d-Pfu с дополнительными мутациями). В принципе, энтузиасты и раньше исследовали этот вопрос (https://pipettejockey.com/2017/08/18/purifying-commonly-used-enzymes-homebrew-phusion/), но без пруфов, ввиду отсутствия доступа к ЯМР спектрометрии. Я же снял спектр на 600 МГц в смеси воды и тяжёлой воды с последующим подавлением сигнала лёгкой воды, благодаря чему смог проверить справедливость тех или иных предположений о составе.

По итогу выяснилось, что, вопреки правилу бритвы Оккама, тут справедливее всего самый сложный вариант, но с оговорками: другой тип неионогенного ПАВ, немного другой буфер, меньше добавок.

★★★

Проверено: CrX ()
Последнее исправление: Dimez (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от Dorif

попутно - R

На R есть rNMR, но он немного старенький, хз как с ним на современном R. Для R еще есть пакеты для работы с FTIR.

einhander ★★★★★
()

Хватило одномерника?
Я бы ещё TOCSY/COSY снял.
С NUS это минут 40 на шестисотке, но данные бы вышли чётче.
Мы также вскрывали Q5 буфер и всякие вкусные форезы типа NuPAGE

dekar
()
Ответ на: комментарий от Qui-Gon

Сижу тут, как дурак, пишу статью про влияние одиночной мутации на активность белка методом ЯМР. А оказывается, состав не важен!

dekar
()
Ответ на: комментарий от dekar

О, а если не секрет - и каков же состав у Q5 буфера? Тоже замечательная штука.

Ну и да - двумерники тоже делали, и углерод отдельно тоже. Даже азот пробовали. Но на 400, на 600 зонд малочувствителен ко всему, кроме водорода. Но именно с этим образом всё было гораздо проще. Тут и водород сам по себе много говорит.

Dorif ★★★
() автор топика
Последнее исправление: Dorif (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от Dorif

Если переходить на гетероядра, то я бы двойной-тройной резонанс снимал, типа HSQC. Но для этого концентрация нужна. Пробовали буфер обессоливать и упаривать? Я вообще начал бы с аналитической HPLC/IEX с MS детектором на хим ионизации.

dekar
()
Ответ на: комментарий от dekar

Нифига себе там концентрации будут на 1х…

Спасибо!

Dorif ★★★
() автор топика
Для того чтобы оставить комментарий войдите или зарегистрируйтесь.