Поковырял исходники xpdf, добавил десяток нужных строк кода, в итоге имеем на скриншоте: - кирилица вводится и ищется без проблем; - выделенный текст на русском копируется через xselection.
P.S.:Про шрифты и пр. можно не флеймить, специально включил первую попавшуюся тему к fvwm.
>>> Просмотр (1600x1200, 252 Kb)