LINUX.ORG.RU

хЫмия


0

0

Квантовая химия традиционно делается на Unix-системах.

Мой домашний компьютер (один из): PIII/600 MHz, 512 MB, Vodoo3, Gentoo 2004.0, Kernel 2.6.3, XFce 4.0.4.

Konsole запущен _удаленно_ (по ADSL совершенно не тормозит) на одном из компьютеров используемых для входа на наш вычислительный кластер. Кластер - около 100 машин разного рода: двухпроцессорные третьи пни, однопроцессорные четвертые, двухпроцессорные Xeon'ы; памяти - от 1 до 2 GB, Red Hat 7.1 - 9.0. Все это управляется древней DQS 3.2 (давно надо бы OpenPBS поставить). Как раз видно часть статистики DQS - где, что и кем считается.

MOLDEN как-то уже пробегал на LOR`е, весьма удобная прога для просмотра результатов, хоть и интерфейс страшноват. Выполняется, к стати, тоже удаленно, на AlphaServer ES40.

Ghemical (слева внизу) - в принципе аналог виндового Chem3D, но пока еще сыроват.

До сих пор еще куча квантово-химических программ написано (и продолжет писаться) на Fortran77 . Пытаюсь разобраться в одном не очень новом коде (в gvim'е).

Многие квантово-химические проги очень навороченные и стоят больших денег, например, MOLPRO (input file для него редактируется в multi-gnome-terminal).

Ну, еще Adobe Acrobat Reader (на заднем плане) и xmms (в дань традиции LOR'а).

<disclaimer> Konsole запущен удаленно. Да, мне нравяться кислотно-зеленые терминалы :) Фортрановский код в gvim'е - не мой. На этом скрине все сваленно в кучу с чисто демонстрационными целями, обычно все разложено по workspace`ам. </disclaimer>

>>> Просмотр (1280x1024, 160 Kb)

> Квантовая химия традиционно делается на Unix-системах.

Как и квантовая физика...

А что у вас за задача? Кластер/MPI используете?

LX ★★
()

cool :-)))))))))))

anonymous
()

Надо было запостить в новости. Под заголовком "Русскоязычные химики выбирают Gentoo". Отметили бы годовщину ...

anonymous
()

Какой шрифт используется в vim'е?

anonymous
()
Ответ на: комментарий от LX

> А что у вас за задача? Кластер/MPI используете?

Расчеты молекул и химических реакций. Если очень кратко, то решается уравнение Шредингера для электонов в поле неподвижных ядер (с различными приближениями, конечно, что включает в себя расчет дикого количества интегралов и диагонализацию матриц). На выходе получется энергия, волновая функция, етц. В итоге, мовно расчитывать геометрии молекул и их агрегатов, механизмы рекций, спектры соединений, etc., и еще всячески мучать волновую функцию на предмет объяснения полученных результатов. MPI как раз начинаем понемногу использовать, a пока в основном используем SMP на двух-процесорных машинах.

>Какой шрифт используется в vim'е? http://www.tobias-jung.de/seekingprofont/

qWen71n ★★★
() автор топика

Ну ни хрена себе!!! Во вы там загоняетесь!!! Круто даже очень круто!!! Отличный скрин.

assa
()

Только вот я чего не пойму, где часы??? Или химикам время знать не обязательно???

assa
()

Хоть у когото шрифты настроены, но почему менюхи, на разных окошках имеют разные размеры шрифтов? понятно что виджеты разные... но все равно должны быть одинаковыми :)...

У меня что в QT что в GTK в то в сессии win4lin что в термнальном подключении через rdesktop? окошки имеют одиноковую цветовую схему и размеры шрифтов.

angel_il ★★★★
()

почти ничего не скажу про задачи (скорее всего это здорово и интересно), но вот скрин просто ацтой. натюрлих... впрочем, наверное, это следствие того, что 1-у отданы все ресурсы.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от qWen71n

> используем SMP на двух-процесорных машинах

Ну чтобы даже его использовать, нужны хотябы threads. Мы у себя используем LAM MPI, еще я долго (не всегда успешно) экспериментировал с OpenMosix, слава Богу одно другому не мешает. Но по OpenMosix у меня еще много вопросов, если только в LAM прога работает устойчиво, то в Mosix зачастую падает, когда мерджит процессы на другие машины, пока не выяснил почему.

LX ★★
()

О, сотоварисч :) Я тоже занимаюсь приблизительно тем же что и ты, расчеты графиков электронной плотности, равновесных параметров решетки, полной энергии системы, зонной структуры, коэффициенты диффузии и т. д. :) Отличие лишь в том что мы считаем не молекулы, а соединения, и основным инструментом получения результатов в созерцаемый вид является либо gnuplot либо xmmgr. Вопрос не линуксоидной тематики: ты сказал, что расчет ведется в поле неподвижных ядер, я так понимаю то есть используешь приближение Борна-Оппенгеймера, а почему ты не используешь приближение Кар-Паринелло, в котором двигаются и атомы и электроны, ведь ошибка в этом случае меньше, или этого вам не требуется? Просто я считал квантовую молекулярную динамику одного квазикристалла, а именно коэффициент диффузии методоб Б.-О., а потом методом К.-П., так вот последний показал блестящие результаты по сравнению с предидущим.

anonymous
()
Ответ на: комментарий от anonymous

ну тут, похоже, тусовочка квантовых химиков собралась... :)))

Вложу и я 5 копеек. Настоящие квантовые химики (типа меня :) ) сначала считают несколько электронных состояний, ну хотя бы MCQDTP, затем переходят к диабатическому представленю, и гонят true quantum dynamics на многих поверхностях, ну хотя бы сплит-оператором в смешанном базисно-сеточном представлении...

anonymous
()
Ответ на: комментарий от anonymous

А еще более настоящие теорхимики не крутят такие задачи на писюках, а работают на машинах совершенно другого класса. А Car-Parrinello действительно рулит.

XuMuK
()
Ответ на: комментарий от XuMuK

Настоящие физики - твердотельщики юзают jscc.ru :)

anonymous
()

Iron Maiden слушаем? чудненько... :)

anonymous
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.