Фалько Тимме написал краткое руководство по проверке линукс-бокса на предмет червей, руткитов и прочей дряни, и по обнаружению прочей хаксорской активности.
Написано действительно очень кратко, так что есть смысл отправить автору документа свои предложения и дополнения.