В любом случае запускай Preferences Utility да проверь наличие отмеченного пункта "Automatically focus new Window" -- это самый первый пункт.
Если надо, чтобы после Alt-Tab'а окно выползало на передний план, уходи в пятое слева меню и поставь отметку на "Raise window when swithing focus with keyboard"